Das Themengebiet der Modellierung von Prozessen, Unternehmen und Wissen bildet seit vielen Jahren den Rahmen der Wirtschaftsinformatik-Forschung in Rostock. Dieses Gebiet zielt generell auf das systematische Modellieren, Analysieren und Weiterentwickeln von Wissen für definierte Unternehmensziele ab. Es verbindet traditionelle Themen der Wirtschaftsinformatik, wie die Modellierung von Informationssystemen, mit Arbeiten aus der Informatik, wie Wissensrepräsentation und Wissensmanagement, und Ansätzen aus der industriellen Organisation, wie das Enterprise Engineering, Die Kernkompetenzen in Rostock liegen dabei besonders in der Entwicklung von Modellierungsmethoden, Werkzeugen zur Unterstützung des Modellierungsprozesses, der Nutzerpartizipation in der Modellierung, Praktiken der Modellierung und dem Nutzen bzw. Wert der Modellierung.

Die Wirtschaftsinformatik hat besonders umfangreiche Erfahrungen auf folgenden Anwendungsgebieten: